En ultra-nationalistisk militärgrupp, styrd av den fanatiske ledaren som kallar sig Den amerikanske patrioten, lyckas komma över ett dödligt biokemiskt vapen som de släpper ut i Montana i norra USA. Inom bara ett par dagar har virusets spridning fått sådana proportioner att regeringen tvingas isolera delar av delstaten. Men det kan redan vara för sent, och snart riskerar USA:s
befolkning att utplånas.
Nationens hopp står till läkaren och immunologen Wesley McClaren.
Men det visar sig att viruset redan börjat muteras och tiden börjar rinna iväg. För McClarens del handlar det inte längre om att rädda sig själv och sin dotter undan den dödliga pesten. Han visar sig vara den ende som kan rädda mänskligheten från undergång.