Med vännen Barneys hjälp lämnar Fred Flintstone (John Goodman) sitt jobb som lyftkranoperatör för att bli företagets vicepresident. Vad han inte vet är att den onde tjänstemannen Cliff Vanercave (Kyle MacLaclan) och hans lömska sekreterare Sharon Stone (Halle Berry) planerar att förskingra stora mängder pengar – och lägga skulden på Fred.