Kapten Corellis mandolin beskriver den långsamt spirande kärleksaffären mellan den italienska kaptenen Antonio Corelli, en oemotståndlig och charmerande officer med en passion för mandolinspel, och den stolta och ambitiösa unga kvinnan Pelagia. Handlingen utspelar sig på den grekiska ön Caphalion under andra världskriget.

När Corelli och hans kompani anländer för att ockupera ön ser de fram emot vistelsen som en ren grekisk semester med vin, kvinnor och sång. Till att börja med avskyt Pelagia och de andra öborna de oinbjudna gästerna, men italienarnas charm bryter ner de kulturella skillnaderna och Pelagia ser till slut Corelli som den man han verkligen är. En man full av livsglädje, kärlek till musiken och kärlek till Pelagia själv.