Farväl Bafana berättar den sanna historien om James Gregory vars liv totalt förändrades av Nelson Mandela, den fånge han vaktade i tjugo år.

Fångvaktaren James Gregory, en typisk vit afrikaaner under Sydafrikas apartheidregim, anser att svarta är andra klassens medborgare. Han växte dock upp på en farm där han lärde sig att prata Xhosa och fick därför uppgiften att vakta Nelson Mandela på Robben Island. Efter en tid förändras oväntat Gregorys lojalitet till ett öppet stöd för Mandelas kamp.